Le lycée scientifique national de Ouagadougou fonctionne à regime internat. Le lycée dispose de deux dortoirs; un dortoir pour les garçons et l'autre reservé aux filles. Une fois que les pensionnaires sont aceuillis, un programme de visites des parents et de sorties des élèves est mis à leur disposition. La visite des parents est prévue au deuxieme weekend de chaque mois tandisque la sortie des élèves est autorisée chaque dernier samedi du mois. En dehors de ces cannaux,aucun élève ou aucun parent ne peut quitter ou acceder à la cour du lycée sauf en cas de force majeure.